区自然资源局设下列内设机构（均为正股级）：办公室、财务人事股、行政审批和政策法规股、国土空间规划和建设用地股、耕地保护监督股、调查监测和测绘地理信息股、林业股、督察执法股、开发利用和所有者权益股。

　　区自然资源局所属事业单位：大通湖区土地储备发展中心（正股级公益一类事业单位）、大通湖区土地开发整理中心（副科级公益一类事业单位）、大通湖区不动产登记中心（副科级公益一类事业单位）、大通湖区林田长制事务中心4个事业单位（正股级公益一类事业单位）。